Construcția bisericii Putna a început în urma victoriei obținută de Ștefan cel Mare la Cetatea Chilia, iar sfințirea ei, după victoria împotriva tătarilor, pe 20 august 1470, de la Lipinti, lângă Nistru. Putna a fost vatră de sihăstrie cu mult înainte de ctitoria lui Ștefan cel Mare, acest fapt fiind constatat în urma cercetărilor efectuate în perioada 1980 — 1982.
Construcția bisericii este în formă trilobată, cu ziduri groase din bolovani de piatră și cărămidă, pe fundație din bolovani de piatră de mari proporții pentru vremea aceea, având 37 metri lungime, 11 metri lățime și 33 metri înălțimea la turlă. Spațiul este repartizat în altar, naos, gropniță, pronaos și pridvor închis. Aici se află mormântul lui Ștefan cel Mare și Sfânt acoperit cu un baldachin din marmură albă, cu o inscripție încrustată pe lespede care arată că viteazul domnitor este ctitorul și ziditorul sfântului locaș, alături de soția sa Maria, fiica lui Radu Voievod.
Pe mormântul lui Ștefan cel Mare se află urna de argint depusă cu prilejul serbării din 1871. În latura nordică a gropniței sunt mormintele fiilor lui Ștefan, Bogdan, mort pe 27 iulie 1479, și Petru, mort în noiembrie 1480. În pronaos, pe latura sudică, se află mormântul Mariei, fiica lui Ștefan Voievod, pe latura nordică doamna Maria, soția lui Petru Voievod, și Ștefan Voievod, nepotul lui Petru Voievod. În pridvor, pe latura sudică, se află mormântul Mitropolitului Moldovei Iacob Putneanul, iar pe partea nordică mormântul Mitropolitului Sucevei Teoctist.
